Los principales retos para el control integral de la tuberculosis animal que ha identificado una investigación del IRTA-CReSA son los siguientes: la mejora de la bioseguridad de las granjas, la mejora del diagnóstico (haciéndolo extensivo a todas las especies implicadas) y por último, el uso de vacunación como herramienta alternativa de control de la enfermedad en los reservorios silvestres y domésticos.

Por último, y no por ello menos importante, un último elemento a tener en cuenta es el contexto no-biológico. Después de años de campaña de erradicación de la tuberculosis bovina, cansancio de los ganaderos y los veterinarios implicados en la misma supone un riesgo evidente que puede comprometer la erradicación de la enfermedad. En este sentido, se ponen en duda los resultados de las pruebas de diagnóstico, la eficacia del programa, los beneficios de ser libres de la enfermedad y se genera un clima de desconfianza hacia los servicios veterinarios oficiales que se traduce en diferentes percepciones que han sido evaluadas a fondo por el grupo de epidemiología del IRTA-CReSA.