El microbioma es una entidad que ocupa diferentes nichos en los mamíferos e interactúa con ellos de forma simbiótica en los procesos digestivos e inmunológicos. De hecho, el motivo por el cual las vacas (y el resto de herbívoros) son capaces de digerir forrajes es consecuencia directa de su microbiota gastrointestinal.

La variabilidad en la eficiencia alimentaria en los rumiantes se encuentra parcialmente controlada por la microbiota gastrointestinal, y más concretamente la que se encuentra en el rumen (el compartimento de mayor tamaño del estómago de los rumiantes). Se ha postulado que las poblaciones microbianas intestinales, además del ambiente y la dieta, también dependen de la genética del huésped (persona o animal). La composición de la microbiota ruminal influirá en la eficiencia de la transformación de la celulosa para la producción de leche o carne en el ganado vacuno.

Queda así claro que el estudio de la metagenómica abre nuevos campos para poder utilizar la composición microbiana y mejorar todo el proceso de la digestión, absorción y utilización de las nutrientes.

En un estudio realizado por un equipo de investigadores del IRTA, ETSIAAB-UPM, INIA y de la empresa Blanca from the Pyrenees, conjuntamente con el ECODEV de Australia, ha mostrado que existe una relación entre la microbiota ruminal, el consumo de alimento, y la eficiencia alimentaria (o cómo la vaca transforma lo que come en leche).

Los investigadores han encontrado que aquellos animales cuya flora microbiana contiene mayor abundancia de Bacteroidetes son los más eficientes y, a su vez, éstos tienen menor abundancia tanto de Firmicutes como de arqueas metanogénicas (microorganismos que producen metano).

Es decir, en su conjunto, los animales más eficientes tienen una composición en el metagenoma distinta con respecto a los menos eficientes. Además, el estudio demuestra que la flora ruminal permite clasificar las vacas en función de la cantidad de alimento que consumen.

Los resultados de este estudio sugieren que la composición de la microbiota permite clasificar las vacas más eficientes, y también aquellas que los son comiendo menos, y por tanto utilizando menores recursos naturales. Además, como el estudio se ha realizado en poblaciones de Europa y de Australia, parece que los patrones poblaciones se mantienen en el tiempo y el espacio. Todavía falta establecer una gran población de referencia con información de metagenomas que pudiera servir para elaborar ecuaciones robustas y aplicarlas a los programas de selección genética.